Det er to regntider i året over det meste av landet. Den såkalte lange regntiden varer normalt fra mars til begynnelsen av juni, mens den korte regntiden varer fra oktober til november/desember. I den lange regntiden kan det være fare for oversvømmelser i enkelte områder. De siste årene har vært preget av gjentatte tørkeperioder og påfølgende flom i enkelte områder.
Tørke, høye matpriser og underutvikling har ført til at matsikkerheten i deler av landet er svært kritisk i 2011, og flere millioner kenyanere trenger nødhjelp.